根據農業部第2603號公告，經農業部審定，批準建立12處國家級水產種質資源保護區（第十一批）。江蘇省海洋與漁業局申報的高郵湖青蝦國家級水產種質資源保護區和洪澤湖黃顙魚國家級水產種質資源保護區獲批。目前，江蘇省已設立國家級水產種質資源保護區36處。

高郵湖青蝦國家級水產種質資源保護區位于高郵湖黃浦尖至董寺尖一線外水域，主要保護對象為青蝦，其他保護對象為鯽魚、河蜆；洪澤湖黃顙魚國家級水產種質資源保護區位于江蘇省宿遷市泗陽縣、泗洪縣洪澤湖水域，主要保護對象為黃顙魚，其他保護對象為青蝦。

青蝦與黃顙魚，均是《國家重點保護經濟水生動植物資源名錄（第一批）》公布的國家重點保護經濟物種，保護區的建成對我省水產種質資源的保護、漁業的可持續發展及漁民權益的維護有著重要的意義。